Pada akhir era 19-an, Allen Walker memasuki organisasi Exorcists yang bertugas memusnahkan “Akuma”, senjata yang dibuat oleh Millennium Earl dengan memanfaatkan jiwa-jiwa orang yang sudah mati. Allen memiliki mata kiri terkutuk yang dapat melihat jiwa Akuma dan senjata anti-Akuma “Innocence” di tangan kirinya. Allen bersama dengan rekan-rekan Exorcist yang lain harus menghentikan rencana jahat Millennium Earl yang ingin membawa dunia pada kehancuran.