Mahasiswa baru dan pencinta ACG Kanji Sasahara menyelesaikan kegiatan ekstrakurikulernya di Genshiken (Masyarakat untuk Studi Budaya Visual Modern) untuk menjadi otaku sejati dan menyeluruh. Sementara itu, Saki Kasukabe, pacar anggota baru Genshiken lainnya (juga seorang bishounen) Makoto Kohsaka, terseret ke dalam aktivitas otaku Genshiken dengan enggan, namun sikapnya yang membenci otaku berubah tanpa dia sadari.